Durante mais de cinquenta anos de navegação e exploração a parte sul do nosso país, A Skorpios sempre teve um cuidado especial para não causar nenhum ou mínimo impacto sobre o ambiente natural que realiza em todas as suas operações. Toda a sua frota juntamente com sua equipe de funcionários, colaboradores em terra e colaboradores especiais, mantem sempre o respeito para o cuidado do meio ambiente de acordo com as políticas dadas pela Companhia.

A Skorpios uniu-se com a Corporação Nacional Florestal CONAF, para criar laços de mútua cooperação para a preservação do meio ambiente e dos ecossistemas que podem ser afetados com a presença de seus navios. Construíram pontes para o acesso as geleiras retiradas do mar no Parque Nacional Marinho Bernardo O’Higgins, onde é realizado debates sobre como cuidar do meio ambiente em que navegam, todos com o único objetivo da presença ser a menos hostil possível para a natureza.

A bordo de seus navios as pilhas e baterias são recolhidas em depósitos especialmente autorizados, que serão entregues em seus devidos portos para o descarte final através de empresas devidamente autorizadas pela autoridade de saúde e do serviço de evaluación ambiental (SEA).
Todo o lixo coletado durante a navegação é entregue em porto para ser tratado pela autoridade de saúde. Para evitar a contaminação acústica durante as expedições, os motores dos barcos são desligados, para assim escutar o som da natureza.

Antes e durante as expedições os hóspedes são informados sobre a segurança do local e o comportamento que eles devem ter de acordo com o tipo de turismo que é realizado. A cia enfatiza sempre que estão em um Parque Nacional que merece a atenção e respeito, proibindo assim a recolha de materiais orgânicos ou não orgânicos em todos os desembarques, sejam estes: pedras, flores, folhas, terra, galhos, frutos do mar ou conchas.
Todos os hóspedes são acompanhados pelos guias durante as visitações e orientados em relação a implementação das boas práticas ambientais.
As trilhas são realizadas e demarcadas para evitar a erosão do solo e da vegetação.

Não é feita a entrega de nenhum tipo de alimento nas trilhas e desembarques, reduzindo assim a possibilidade de geração de resíduos. Constantemente a cia solicita a cooperação dos seus hóspedes para a coleta de resíduos, onde porventura pode ser encontrado por entre as trilhas.
Nos desembarques é solicitado a todos os hóspedes distância dos animais nativos e a alimentação destes animais é totalmente proibida.
Suas embarcações possuem plantas de tratamento de esgoto, autorizadas em design e operação pela autoridade marítima do Chile. Todos os resíduos orgânicos gerados na navegação são devidamente tratados com reatores biológicos e clarificadores. A cia também conta com planta de tratamento de águas oleosas, que permite tratar todos os resíduos perigosos gerados por produto próprio de motores, estes também podem ser armazenados em recipientes herméticos para que sejam entregues em porto para seu transporte, tratamento e disposição final.